在公司的經(jīng)營過程中，憑證是比較常見的，一般的憑證是可以進(jìn)行抵扣的，但是有時候企業(yè)會收到一些異常憑證，遇到這種情況的話要怎么處理呢？
一、一般納稅人取得異常憑證后稅務(wù)機關(guān)會怎么處理？
增值稅一般納稅人取得的異常增值稅扣稅憑證按不同情形區(qū)分處理：
1、增值稅一般納稅人取得異常憑證，尚未申報抵扣或申報出口退稅的，暫不允許抵扣或辦理退稅；
2、已經(jīng)申報抵扣的，一律先作進(jìn)項稅額轉(zhuǎn)出；
3、已經(jīng)辦理出口退稅的，稅務(wù)機關(guān)可按照異常憑證所涉及的退稅額對該企業(yè)其他已審核通過的應(yīng)退稅款暫緩辦理出口退稅，無其他應(yīng)退稅款或應(yīng)退稅款小于涉及退稅額的，可由出口企業(yè)提供差額部分的擔(dān)保。
4、經(jīng)核實，符合現(xiàn)行增值稅進(jìn)項稅額抵扣或出口退稅相關(guān)規(guī)定的，企業(yè)可繼續(xù)申報抵扣，或解除擔(dān)保并繼續(xù)辦理出口退稅。
二、一般納稅人取得異常憑證后怎么保護(hù)自身權(quán)益？
作為納稅人自己要怎么保護(hù)自己的合法權(quán)益，總的來說有兩種方式：
1、妥善溝通主管稅務(wù)機關(guān)
對于存在真實交易行為的一般納稅人，可以提供相關(guān)證據(jù)向主管稅務(wù)局提出自身合法訴求，充分爭取適用稅務(wù)總局有關(guān)善意取得增值稅專用發(fā)票的規(guī)定，從而不繳納滯納金，相關(guān)發(fā)票不再進(jìn)行企業(yè)所得稅調(diào)增。
如果主管稅務(wù)機關(guān)堅持進(jìn)項稅額轉(zhuǎn)出并加收滯納金，企業(yè)可以考慮是否提起稅務(wù)行政復(fù)議以及后續(xù)的行政訴訟，畢竟主管稅務(wù)機關(guān)僅憑相關(guān)名單就做出行政處理處罰，在證據(jù)采集上是存在瑕疵的，那么企業(yè)就有希望通過司法途徑繼續(xù)維護(hù)自身權(quán)益。
2、及時起訴對方公司
一般而言，收款方開具發(fā)票是交易合同的附屬義務(wù)，即便交易合同未明確規(guī)定，購買方也有權(quán)要求對方開具合法有效的發(fā)票。受害企業(yè)通過提起訴訟，在合同、銀行付款憑證等證據(jù)支持下，法院一般會要求被告完整履行合同義務(wù)。
如果對方拒不履行法院生效文書，受害企業(yè)可以申請強制執(zhí)行，將對方企業(yè)列入失信名單，通過限制其法定代表人進(jìn)行高消費來實現(xiàn)實現(xiàn)警示作用。
如果對方企業(yè)屬于認(rèn)繳出資，而且企業(yè)拒絕履行相關(guān)生效判決，受害企業(yè)甚至可以要求其股東賠償其經(jīng)濟損失，當(dāng)然要以認(rèn)繳出資為限。
看了一般納稅人取得異常憑證的處理辦法之后，我們再來看一下哪些發(fā)票會被列入異常憑證管理范圍之內(nèi)，在平常的使用過程中注意預(yù)防。
三、哪些增值稅發(fā)票會被納入異常憑證管理？
1、走逃（失聯(lián)）企業(yè)的異常憑證
稅務(wù)機關(guān)依照規(guī)定的程序和方法、履行規(guī)定的手續(xù)后，依法判定為走逃（失聯(lián)）的企業(yè)，發(fā)生下列情形之一的，所對應(yīng)屬期開具的增值稅專用發(fā)票列入異常憑證范圍。
（1）商貿(mào)企業(yè)購進(jìn)、銷售貨物名稱嚴(yán)重背離的；生產(chǎn)企業(yè)無實際生產(chǎn)加工能力且無委托加工，或生產(chǎn)能耗與銷售情況嚴(yán)重不符，或購進(jìn)貨物并不能直接生產(chǎn)其銷售的貨物且無委托加工的。
（2）直接走逃失蹤不納稅申報，或雖然申報但通過填列增值稅納稅申報表相關(guān)欄次，規(guī)**務(wù)機關(guān)審核比對，進(jìn)行虛假申報的。
2、稅收風(fēng)險分析評估中發(fā)現(xiàn)的異常憑證
發(fā)生下列第2種情形，導(dǎo)致稅務(wù)機關(guān)無法實施約談的，在納稅人主動聯(lián)系主管稅務(wù)機關(guān)之前，主管稅務(wù)機關(guān)可通過增值稅發(fā)票系統(tǒng)升級版暫停該納稅人開具發(fā)票，并將其取得和開具的增值稅發(fā)票列入異常憑證范圍，錄入增值稅抵扣憑證審核檢查系統(tǒng)。
（1）增值稅一般納稅人存在購進(jìn)、銷售貨物（服務(wù)）品名明顯背離，虛假填列納稅申報表特定項目以規(guī)**務(wù)機關(guān)審核比對等。
（2）電話、地址等稅務(wù)登記信息虛假無法聯(lián)系或兩次約談不到。
3、發(fā)票開具和納稅申報數(shù)據(jù)監(jiān)控發(fā)現(xiàn)的異常憑證
稅務(wù)機關(guān)在對納稅人開票數(shù)據(jù)進(jìn)行實時監(jiān)控分析預(yù)警中發(fā)現(xiàn)下列**種情形的，或者對增值稅納稅申報數(shù)據(jù)的監(jiān)控中發(fā)現(xiàn)下列第二種情形的，作為異常情形，應(yīng)及時約談納稅人。因下列第三種情形，導(dǎo)致無法約談的，主管稅務(wù)機關(guān)可通過升級版暫停該納稅人開具發(fā)票，同時暫停其網(wǎng)上申報業(yè)務(wù)，將其近60天內(nèi)（自納稅人最后一次開票日期算起）取得和開具的增值稅發(fā)票列入異常發(fā)票范圍，并應(yīng)在2個工作日內(nèi)，錄入增值稅抵扣憑證審核檢查系統(tǒng)，開展異常發(fā)票委托核查。
（1）納稅人存在購銷不匹配、有銷項無進(jìn)項、大部分發(fā)票頂額開具、發(fā)票開具后大量作廢、發(fā)票開具金額突增等異常情形。
（2）納稅人當(dāng)期申報存在未開具發(fā)票（或開具其他發(fā)票）欄次填報負(fù)數(shù)；無免稅備案但有免稅銷售額；應(yīng)納稅額減征額填報金額較大；進(jìn)項稅額轉(zhuǎn)出填報負(fù)數(shù)；當(dāng)期農(nóng)產(chǎn)品抵扣進(jìn)項占總進(jìn)項比例較大且與實際經(jīng)營情況不符；代扣代繳稅收繳款憑證、運輸費用結(jié)算單據(jù)等欄填報數(shù)額異常等情形。
（3）地址、電話等稅務(wù)登記信息虛假無法聯(lián)系或者經(jīng)稅務(wù)機關(guān)兩次約談不到的。
4、非正常戶的失控發(fā)票
已辦理稅務(wù)登記的納稅人發(fā)生未按照規(guī)定的期限申報納稅情形的，在稅務(wù)機關(guān)責(zé)令其限期改正后，逾期仍然不改正的，稅務(wù)機關(guān)應(yīng)當(dāng)派員實施實地檢查程序。對于履行核查手續(xù)后，查無下落并且無法強制其履行納稅義務(wù)的，由檢查人員制作非正常戶認(rèn)定書，存入納稅人檔案，認(rèn)定其為非正常戶。
對于非正常戶所持有的增值稅發(fā)票，稅務(wù)機關(guān)按照失控發(fā)票采集標(biāo)準(zhǔn)，將相關(guān)增值稅專用發(fā)票列入防偽稅控系統(tǒng)，實施失控發(fā)票管理。
5、稽核比對結(jié)果的異常抵扣憑證
在增值稅稽核比對中，通過全國增值稅專用發(fā)票稽核系統(tǒng)產(chǎn)生稽核比對結(jié)果為“不符”、“缺聯(lián)”、“屬于作廢”的增值稅專用發(fā)票，列入異常抵扣憑證管理。對于這些異常憑證的判斷和處理需要結(jié)合不同的情況。
